Cet article répertorie les programmes utilitaires qui peuvent être émulés sur la FunKey S. Les utilitaires sont actuellement divisés en cinq catégories : Créatif, Émulation, Médias, Texte et Autre. Les utilitaires créatifs incluent des programmes de dessin et des programmes de création musicale ; les utilitaires d'émulation permettent à l'utilisateur d'émuler un système non émulé nativement sur la FunKey S à l'aide d'un système qui l'est ; les utilitaires multimédias incluent des visionneuses de photos, des lecteurs de musique et des lecteurs vidéo ; les utilitaires de texte incluent des logiciels d'affichage de texte, des lecteurs de livres électroniques et des éditeurs de texte ; et autres incluent tous les utilitaires qui ne peuvent pas être classés en utilisant l'une des catégories principales. Il existe actuellement 33 utilitaires répertoriés, comprenant 4 utilitaires de calcul, 7 utilitaires créatifs, 6 utilitaires d'émulation, 7 utilitaires multimédias, 5 utilitaires texte et 3 autres utilitaires. Il existe également des livres électroniques du domaine public 19 répertoriés au format ROM Game Boy ou Game Boy Advance (ou les deux). Comme les utilitaires Game Boy Advance surlignés en jaune ne sont pas émulés avec précision dans l'émulateur Game Boy Advance par défaut de la FunKey S, ils doivent être utilisés avec une émulateur tiers à la place.
Cette section répertorie les utilitaires de calculatrice émulables. Notez que bien que TI83 Emu soit techniquement une implémentation émulée de la TI-83, nécessitant ainsi l'exécution du fichier BIOS de cette calculatrice, il est répertorié ici plutôt que dans la section emulator en raison de son absence du support des programmes TI-83.
Out of all the Game Boy emulators available for the FunKey S, as GB-8 is fully-incompatible with gnuboy (the default Game Boy emulator) and Gearboy, and only partially-compatible with mGBA, it should be emulated on the FunKey S using Gambatte. Additionally, while users are able to compile their own version of GB-8 via the source files linked-to on the right, as this process is quite complicated, the editors of The FunKey Wiki have hand-picked and compiled the most functional of the available CHIP-8 games for the convenience of users. Note that as the emulator requires the use of a Select + Start + A + B button combination, a KEY file that frees up the FN+A and FN+B button combinations has been bundled with the pre-configured emulator ROM file.